Un uso muy importante de la partícula で es indicar el objeto con el que se realiza una acción. La traducción al español más cercana es con.

Ejemplos:

ナイフでパンを切ります。
ナイフでパンをきります。
Corto el pan con un cuchillo.

これは私が米で作ったパンです。
これはわたしがこめでつくったパンです。
Esto es un pan que hice con arroz.